En 1998, la commission d'enquête parlementaire sur « l'utilisation des fonds publics et la gestion des services publics en Corse » présidée par le socialiste Jean Glavany qualifiait Jean-Jé de « seul véritable parrain » de l'île. A quoi l'intéressé répond qu'il n'est qu'un « juge de paix » arbitrant les conflits. Et s'il a cotoyé « le milieu » c'est, dit-il dans une interview au mensuel Corsica, « pour venger son père, assassiné en 1955 ».
En 2004, Jean-Jé Colonna est poursuivi devant le tribunal correctionnel d'Ajaccio pour une affaire d'abus de biens sociaux portant sur 900.000 €. La justice lui reproche d'avoir indûment perçu de (gros) salaires, de 1993 à 2002 provenant de deux sociétés gérées par son épouse, Arlette : une superette et un hôtel de luxe à Propriano. Il a été condamné à 36 mois de prison dont 30 avec sursis et 300.000 € d'amende. Peine confirmée en appel. Mais Jean-Jé a introduit un pourvoi en cassation. Le journalistiquement présumé Parrain est donc décédé le 1 novembre 2006 avec un casier judiciaire vierge.
La seule interview donnée par M. COLONNA